A l'esclat de la Guerra Civil, el Col·legi Oficial es va dissoldre i es convertí en el Sindicato Gremial de Médicos y Odontólogos, sota la presidència de persones afins al nou règim. A nivell professional, la Junta directiva va acordar adherir-se al Movimiento i contribuir amb cinc-centes pessetes per a recaptar fons. El Directori va prendre la decisió de redactar uns nous estatus avinents amb les circumstàncies del moment.
Però l'existència del Sindicat va durar poc. Tan sols un any després, a causa d'una sèrie de baixes, la corporació quedà sense gairebé la meitat dels seus integrants, per la qual cosa la resta de membres acordaren convocar una Assemblea per tal de donar sortida a la crisi. En arribar a Mallorca la disposició del Govern mitjançant la qual es permetien els Col·legis com a òrgans representatius de a classe, es convocà l'Assamblea per proposar-li la creació d'un Col·legi Oficial de Metges de Balears, sense que això signifiqués la renúncia al Sindicat.
Així dons, el Sindicato Gremial de Médicos y Odontólogos passà a anomenar-se Colegio Oficial de Médicos de Baleares, nom que manté la institució encara avui en dia.

Bibliografia:
• TOMÁS MONSERRAT, J.: El Colegio de Médicos de Baleares (1882-1982). Palma: Colegio Oficial de Médicos de Baleares, 1985
• TOMÁS MONSERRAT, J.: La organización Médica en Baleares. Los Presidentes (1882-1999). Palma: Col·legi Oficial de Metges de les Illes Balears, 1999