Des del segle XVIII, i al llarg del XIX, el control marítim i la prevenció d'epidèmies foren el principal argument de l'Estat en matèria sanitària. Així, com a part de la nova ordenació política que s'instaura a les illes Balears arrel del Decret de Nova Planta es va crear al 1756 una Diputación de Sanidad que dependria directament de la Junta Suprema de Sanidad creada l'octubre de 1720 amb l'objectiu principal de vigilar amb més intensitat la propagació d'epidèmies. Aquest nou òrgan substituïa les funcions que des del segle XV havia realitzat la Institució de Morberia Mallorquina que amb les normes del Gran i General Consell havia defensat l'Illa de les grans epidèmies que envaïen el continent. La Diputación de Sanidad estaria integrada pels regidors de la ciutat amb caràcter vitalici (en cas que fossin molts, pels més versats en matèria sanitària) i presidida pel Corregidor, els quals "deberán entender y cuidar inmediatamente de todos los asuntos tocantes al resguardo de la Salud Pública". Aquests regidors, o diputats, i el corregidor no cobrarien un sou, però l'entitat havia de comptar amb un metge, un cirurgià i els subalterns necessaris, a més d'una embarcació amb el seu corresponent patró i tripulants, tots sufragats amb el dret de visita pagat per les embarcacions estrangeres.
Finalment, a principis del segle XIX, la Reial Ordre de 30 de setembre de l'any 1800 -que generalitzava el sistema de Juntes sanitàries-, mentre que el novembre de 1813 es produí la racionalització del sistema de Juntes, establint-se una gradació de distincions: Suprema o Central per a tot el regne, provincial i municipal, de manera que l'òrgan que era la Diputació es convertiria, per una part, en la Junta Provincial de Sanitat, dirigida per el governador de la província, o Jefe Político i per altra, en Junta Municipal de Sanidad de Palma. Al seu torn, es crearien també Juntes de Sanitat locals als diferents municipis de l'arxipèlag, de les quals la Junta Provincial n'esdevindria coordinadora, a l'hora que aquesta depenia de la Junta Suprema de Sanidad de Madrid. A més, el 1833 es crearen unes Juntes Superiors, corresponents a les Capitanies Generals i amb més rellevància a les províncies territorialment més rellevants, cosa que ocasionaria confusions i conflictes entres juntes superiors, provincials i municipals de les capitals.
Les funcions de les Juntes de Sanitat es poden considerar de caràcter burocràtic i policial: comprovar la veracitat de l’origen geogràfic de les embarcacions, mercaderies i persones; impedir l’entrada i descàrrega de les improcedents o procurar el seu accés tan sols després d’una quarantena que les sotmetés a desinfecció.